Что мы знаем о «дельтакроне»
Комбинация вариантов дельта (AY.4) и омикрон BA.1 была названа ВОЗ рекомбинантом BA.1 x AY.4. Впервые обнаруженный во Франции в январе 2022 года, он с тех пор получил прозвище «дельтакрон» [1].
Как возникает рекомбинант?
Рекомбинанты могут возникать, когда несколько вариантов заражают одного и того же человека одновременно, что позволяет вариантам взаимодействовать во время репликации, смешивать свой генетический материал и образовывать новые комбинации. Эти события становятся более вероятными при большей заболеваемости, что сейчас весьма актуально, поскольку число случаев заболевания COVID-19 во всем мире снова начало расти после нескольких недель снижения [2].
Мария Ван Керкхове, технический руководитель ВОЗ по COVID-19, заявила в своем посте в социальных сетях: «[Это] то, что происходит, когда мы позволяем вирусу циркулировать на таком интенсивном уровне. Вирус продолжает развиваться, и ожидается появление новых вариантов. Ожидаются также рекомбинанты. . . как мы объясняли в течение очень долгого времени» [3].
Она подчеркнула, что вакцины сами по себе не могут использоваться для борьбы с пандемией SARS-CoV-2, необходимы и другие меры, а массовое тестирование и секвенирование во всем мире имеют жизненно важное значение.
Что мы знаем о «дельтакроне»?
Пока очень мало. Литература о дельтакроне немногочисленна, хотя точка зрения, опубликованная Китайским ЦКЗ, дала некоторое представление [4]. Исследователи сообщили, что рекомбинант очень похож на вариант дельта (AY.4), за исключением того, что касается области, кодирующей ген S-белка, который похож на BA.1. Из 36 аминокислотных мутаций, обнаруженных в S-белке, 27 были обнаружены в BA.1 и пять в AY.4, а четыре были обнаружены в обоих.
Авторы также подчеркнули, что, хотя это не первая рекомбинация у SARS-CoV-2 и даже наблюдалась передача изменённого вируса в популяции, ни в одном из предыдущих вариантов не было таких крупных геномных фрагментов. Таким образом, появление рекомбинанта BA.1 x AY.4 может быть причиной для беспокойства.
Авторы предупредили: «Хотя появление и последующее распространение вариантов, вызывающих озабоченность, оказало огромное влияние на глобальное здоровье и экономику, до сих пор это, возможно, ещё не было худших случаев, поскольку рекомбинация (основной механизм, обеспечивающий генетическое разнообразие коронавирусов) не появилась в действительно больших масштабах и не показала свою реальную силу до возникновения «дельтакрона».
«Поэтому появление «дельтакрона» — это «серый носорог» [очевидная угроза, которую игнорируют или преуменьшают], а не «черный лебедь» [маловероятное, но чрезвычайно серьезное] событие. . . С появлением «дельтакрона» возникают новые опасения».
С другой стороны, авторы препринта на сервисе medRxiv предполагают, что коинфекции дельтой и омикроном, а также рекомбинации всё ещё редки [5]. Исследователи секвенировали 29719 положительных образцов, взятых с ноября 2021 года по февраль 2022 года, когда в США одновременно циркулировали и дельта, и омикрон. Они обнаружили 20 коинфекций и два независимых случая заражения рекомбинантным вирусом дельта-омикрон. Из чего был сделан вывод, что рекомбинанты встречаются редко, в настоящее время нет доказательств, что идентифицированные варианты более трансмиссивны, чем уже циркулирующие линии омикрона (BA.1, BA.2).
Шиши Луо, ведущий автор и старший научный сотрудник в области биоинформатики в геномной компании Helix, сказал The BMJ: «Мы не видели никаких причин для беспокойства ни по одному из рекомбинантов, о которых сообщалось в нашем исследовании. Однако, учитывая, что другие рекомбинанты обнаруживаются примерно в то же время по всему миру, нам определенно следует расширить наши возможности по их мониторингу».
В беседе с The BMJ Эрик Тополь, профессор молекулярной медицины в Исследовательском институте Скриппс, повторил мысль о том, что, хотя этот рекомбинант не может представлять угрозы, он может быть своеобразным предупреждением о том, что может произойти.
«В настоящее время идентифицировано как минимум три различных варианта «дельтакрона», — сказал он. – Наша обеспокоенность по поводу них сдерживается отсутствием доказательств того, что любой из них обладает потенциалом распространения или признаками повышенной вирулентности. Но их внешний вид подчеркивает потенциал этих рекомбинантных, гибридных явлений».
«В то же время распознается больше вариантов коинфекций, а также существует вероятность их возникновения в животных резервуарах или, как в случае с птичьим гриппом, рекомбинантным вариантом SARS-CoV-2 между людьми и животными», – заметил Тополь.
Автор: Элизабет Махасе, «Британский медицинский журнал» ttps://
www.bmj.com/content/376/bmj.o792
Источники:
1. European Centre for Disease Prevention and Control. SARS-CoV-2 variants of concern as of 17 March 2022. Mar 2022.
https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern
2. Mahase E. Covid-19: Is the UK heading for another omicron wave? // BMJ2022;376:o738.pmid:35304409
https://www.bmj.com/content/376/bmj.o738
3. Van Kerkhove M. Twitter.
https://twitter.com/mvankerkhove
4. Wang L, Gao GF. The “wolf” is indeed coming: recombinant “deltacron” SARS-CoV-2 detected. China CDC Weekly 2022 Mar.
https://weekly.chinacdc.cn/fileCCDCW/journal/article/..
5. Bolze A, White S, Basler T, et al. Evidence for SARS-CoV-2 delta and omicron co-infections and recombination. medRxiv 2022.03.09.22272113
https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2022.03.09.22..